Woher bekommt die USB-HDD ihre Stromversorgung? Wenn über den USB-Anschluss, dann hänge mal einen aktiven USB-HUB dazwischen. Vielleicht reicht´s nicht, was vom USB-Port der Dreambox kommt.
NTFS sollte die Box jedenfalls mit OE2 können.

Das Klack-Geräusch dürfte von der Positionierung der Schreib-/Leseköpfe kommen. Kannst du auch hören, ob sich die Platte dreht?

Hast du auf der Platte zwischenzeitlich mal eine Windows-Datensicherung gespeichert? Ich kann mich entsinnen, dass dann auf der Platte eine GPT-Partition eingerichtet wird. Möglicherweise befinden sich nun alle Daten der Platte in einer solchen Partition, d.h. die Partitionseigenschaften wurden von Windowws geändert. (Soweit bin ich da nicht vorgedrungen). Windows hat damit m. E. ab Vista keine Probleme. Kann aber sein, dass der NTFS-Treiber der dreambox damit nicht umgehen kann. Jedenfalls soll mit einer solchen Partition vermieden werden, dass auf Fremdsystemen diese Sicherung unbeabsichtigt zerstört werden kann.
Hänge mal die Platte wieder an den Windows PC und sehe dir da mal in der Datenspeicherverwaltung die Partitionseigenschaften deiner externen Toshiba HDD an.
Wenn das der Fall sein sollte, dann sichere mal mit dem Windows-PC alle für die dreambox wichtigen Daten auf einem anderen Datenträger und partitioniere die Toshiba auf der Windowsmaschine mal neu. Danach neu formatieren und die wichtigen Daten zurückspielen.

Vielleicht hat die Forengemeinde dazu noch andere Ideen?!

Das ist ein gerelles Dreambox Problem - die USB Anschlüsse liefern einfach zu wenig Saft. Liest man immer wieder in div. Foren.

Mein USB-DVD Laufwerk und 2,5" HDD's liefen noch nie ohne aktiven HUB oder seperatem Netzteil an meinen Dreams (DM800HD, DM800HDse) - trotz Y-Adapter. Sogar der Netgeart WNCE2001 LAN/WLAN Adapter läuft nur zufriedenstellend am HUB bzw. eigenem NT.