up oder update ist ein alias bzw. Kurzbefehl, der in der /etc/profile, ~/.profile, ~/.bashrc etc. definiert wird

d.h. wenn du up eingibst, wird eigentlich apt-get update && apt-get upgrade ausgeführt

alle definierten aliases kann man sich mit dem Befehl alias in der CLI ansehen

wahrscheinlich sind die aliases im DreamOS bzw. im Newnigma2 in der /etc/profile definiert

grep alias /etc/profile

Man kann auch eigene aliases definieren und in die entsprechende Datei eintragen, die werden aber bei einem update meist überschrieben (/etc/profile, ~/.profile etc.)

up=dpkg --configure -a && apt-get update && apt-get dist-upgrade && apt-get clean

Nein, "up" und "apt-get update && apt-get upgrade" ist eben nicht das gleiche, deshalb wurde ja auch der Alias so gewählt und so solltest du ein Softwareupate auch ausführen, bzw. über die Updatefunktion des Paketmanagers.
Wenn du Probleme mit der Paketverwaltung vermeinden willst, date entweder üder den Paketmanager oder mit "up" per Konsole up.

Ganz lapidar ausgedrückt, das berichtigt eventuell aufgetretene Fehler. Davon abgesehen gibt es auch noch einen Unterschied zwischen apt-get upgrade und apt-get dist-upgrade, deshalb auch die Bitte das Softwareupdate so wie vorgesehen zu verwenden.

Mit 'reboot' wird die ganze Dreambox neu gestartet, was sicherlich nicht ganz verkehrt ist nach einem Update

Richtig, und davon abgesehen kommt unter OE2.2 systemd zum Einsatz.
Z. Bsp. E2-Stop/Start:

Ob du das Betriebssystem oder nur die grafische Benutzeroberfläche neu startest, würde ich nicht als kleinen Unterschied bezeichnen und nach einem Systemupdate ist ein Neustart des kompletten Betriebssystems notwendig.